羅氏454測序參與解開香蕉基因組
羅氏454測序參與解開香蕉基因組
由法國研究人員領導的一個國際研究小組測序在《Nature》報道，研究人員利用羅氏454測序儀及其他測序儀組合，完成了Musa acuminata. 二倍體香蕉植物基因組草圖，約含有523萬個堿基，
進一步探索該香蕉品種的進化歷史和以及它與其他植物的關系。
進一步探索該香蕉品種的進化歷史和以及它與其他植物的關系。Musa種和其亞種間有約7000年的雜交歷史，再通過對無籽品種的選擇育種，培育出了出了具有M. acuminata 及M. balbisiana兩個品種基因組的二倍體、三倍體香蕉種植品種。目前研究人員集中在被稱為Pahang的二倍體香蕉品種，它來自于野生M. acuminata和其malaccensis亞種的雜交。而，野生的M. acuminata也是目前占全部香蕉產量二分之一的三倍體香蕉品種Cavendish的基因組組成部分之一。
利用shotgun測序數據，進行了序列拼接并繪制了基因組草圖，涵蓋大約90％的Pahang基因組。后續分析預測了36542蛋白質編碼基因和235個microRNA。也預測了在基因組中轉座子，約占全部基因組中大約一半的序列。
香蕉基因組中近7700個與其他植物譜系，如擬南芥，椰棗，水稻，高粱等共享的基因集群(gene clusters)；同時，也發現了特異性的基因集群，包括轉錄調控因子，病蟲害防御和代謝有關功能。香蕉基因組序列也包含了植物病毒基因組：比如雙鏈DNA病毒香蕉條紋病毒。Pahang染色體分析證實原來對于基因組復制事件的認識，即全基因組復制既發生在Musa種屬內和也發生在該開花植物目（Zingiberales）內。
最后，RNA序列數據提供一些伴隨香蕉果實成熟過程基因轉錄變化的信息。眾所周知，香蕉果實成熟可以使用植物激素氣體乙烯誘導，此次研究發現香蕉催熟時，植物細胞壁相關的基因表達迅速上升，而淀粉酶水平下降。轉錄組分析也給出了一些關于香蕉防御病蟲害的信息，這是種植植物研究領域最為關心的課題之一。
Musa基因組序列的獲得，是在這一重要經濟作物復雜基因組的一項重大進展，為開啟這一經濟作物遺傳基因改良奠定了基石。
1. The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. D'Hont A. et al. Nature (2012). doi:10.1038/nature11241
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