454用于人類微生物菌落項目中微生物16S rRNA測序

瀏覽次數：4004　發布日期：2012-7-17　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

454用于人類微生物菌落項目（Human Microbiome Project）中微生物16S rRNA測序

最近在Nature¹及其他刊物中發表了多篇與人類微生物菌落項目（Human Microbiome Project）有關的文獻，該項目已歷時5年旨在發現人體不同部位的微生物菌落特征。而最近的這些文獻的發表只是該項目大量數據的初步分析結果，隨之而來的將是從更多分析方法角度帶來的新的思路和起始。微生物16S rRNA測序

數據中最主要是16S rRNA基因的序列。從美國的兩個城市挑選的數百名男女，通過身體檢查，最終選擇了129名健康男性和113名健康女性，然后分別在男性的15個身體部位和女性的18個身體部位采集微生物樣本，利用454的進行16S rRNA擴增子測序，測序區域覆蓋16S rRNA的V3-V5區域，部分樣本增加了V1-V3區域的測序。測序結果用三種不同的方法進行微生物系統分類，并對人類微生物菌落進行了比較。同時，利用短讀長平臺獲得了部分樣本中的完整微生物基因序列。

分析結果表現了從研究對象采集的微生物群體中占重要成分的微生物，以及其各種組合方式。共發現10，000種微生物，800萬個微生物基因，占微生物屬及酶家族總體的81%-99%。

總體而言，身體不同部位的微生物菌落存在差異，不同個體間也存在差異，而相對而言，同一個體、同一身體部位的菌落隨時間變化不大。不同個體的同一個身體部位雖然其微生物菌落存在差異，但是從微生物基因組成來看微生物代謝卻有相似性。比如說，舌頭上的微生物的代謝途徑比較相似，主要是分解各種能量如糖分。

同時，在Nature上也有一篇關于這個國際性合作項目標準的實驗方法的介紹，包括樣本采集、測序數據生成分析以及宏基因組數據解讀各個方面。²具體描述了在項目中454測序儀用于16S rRNA測序的方法以及數據分析。對于這樣大量樣本的處理和成功系統分類，說明了454的長讀長測序是16S rRNA測序宏基因組研究的成熟平臺。

另外，還有許多與這個項目相關的其他文獻發表在其他雜志上，對實驗方法、數據分析結果進行了討論。這個項目目的在于了解健康人身體的微生物菌落分布情況，掌握微生物菌落的動態情況，以及外界因素對其的影響及互動。研究人員希望通過與其他此類研究結果比較，認識更多微生物菌落對人體健康的作用和影響。

1. A framework for human microbiome research. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486, 215–221. doi:10.1038/nature11209

2. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486,207–214. doi:10.1038/nature11234

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