羅氏 454 GS FLX 系統(tǒng)用于西紅柿基因組測序
羅氏 454 GS FLX 系統(tǒng)用于西紅柿基因組測序
最近，西紅柿基因組學會完成了一個農業(yè)種植西紅柿品系Solanum lycopersicum的基因組圖譜，以及一個野生型西紅柿品系S. pimpinellifolium的基因組圖譜，并將其與已知的土豆基因組以及其他植物比較，尋找與水果有些特性相關的基因，相關文獻在Nature雜志作為封面文章發(fā)表1。西紅柿不但是重要的經濟作物，也作為研究有花植物非常重要的研究模型。通過更多的西紅柿不同品種的測序研究，能夠掌握更多性狀相關的信息，從而幫助農業(yè)育種以及有花植物研究工作。
此次研究中使用了454 GS FLX 測序，獲得了Solanum lycopersicum基因組約900 Mb的數據，與Sanger測序結果結合，拼接出700 Mb的基因組圖譜，僅含有91個scaffolds。以此為基礎，對野生型的S. pimpinellifolium基因組則通過短讀長平臺進行測序，獲得約740 Mb數據。兩個基因組共發(fā)現540萬個SNP，60%的基因由兩者共享或其僅為同義突變，而其他約40%的基因存在影響了兩者蛋白質表達的差異。
通過與同屬茄屬的土豆，及薔薇類植物基因組如葡萄、擬南芥基因組的比較發(fā)現，西紅柿基因組在進化過程中有兩次基因組的三倍復制事件(triplicate)。其中一次發(fā)生在有花植物中的茄屬植物及薔薇類植物分化前，該基因組復制的結果由兩者共享，而另外一次更近期的基因組復制事件發(fā)生在茄屬內由西紅柿和土豆基因組共享。
同時研究人員還對西紅柿的不同組織進行了轉錄表達研究、SNP等研究，發(fā)現與西紅柿重要性狀相關的基因，例如果實的風味，顏色，質地，抗病蟲害能力等。
454的長度長測序平臺完成西紅柿基因組再次表明了其在復雜動植物基因組測序中所擁有的優(yōu)勢。
1. The Tomato Genome Consortium. 2012. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. doi:10.1038/nature11119
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