Amgen(安進)公司選擇454測序平臺以尋找適用于癌癥藥物治療的新位點

 

摘自Julia Karow  Apr 27, 2010  GenomeWeb

全球著名生物制藥公司美國Amgen(安進)公司上周表示，通過使用二代測序技術分析腫瘤樣本來尋找新的生物標志物，能用于預測直腸癌的藥物治療效果。

在這項研究中，科研人員及Amgen研究人員利用羅氏454測序平臺對EGFR抑制劑(表皮生長因子受體抑制劑)Vectibix的臨床試驗中的320例腫瘤樣本的9個基因進行測序。“據我們所知，這是首次利用下一代測序技術來分析臨床三期試驗的腫瘤樣本，這將大大推進我們正在進行的臨床研究”。安特衛普大學醫院及該項目首席研究員Marc Peeters這樣說道。

這項研究的目的在于闡明直腸癌中9個已知基因的突變是否能夠預測Vectibix或Panitumumab藥物治療效果。 已知KRAS基因突變代表藥物治療反應不佳。

研究人員通過454平臺對AKT1、BRAF、CTNNB1、EGFR、KRAS（外顯子3）、NRAS、PIK3CA、PTEN和TP53基因的突變進行測序。這些基因都直接或間接地參與EGFR信號通路。

研究人員共對43個外顯子進行擴增，并由5.7M條測序讀長中得到1.26Gb數據。320例樣本中，有288例得到平均每位病人的7.85個基因結果，基因完整率達84%-99%。研究人員通過結果發現，在9個基因中都存在突變。50例腫瘤樣本有一個以上的突變基因，20例樣本中單個基因內均有多處突變。

研究人員總結：“高靈敏度的454測序幫助他們發現了預期外的患者腫瘤樣本的基因型復雜性”。

Vectibix顯著改善KRAS野生型腫瘤患者的無進展存活(progression-free survival)，而對于KRAS突變型腫瘤患者的無進展存活未顯作用。 除了KRAS外，NRAS突變也與Vectibix無療效相關。Vectibix能顯著提高KRAS及NRAS野生型腫瘤患者的無進展存活，而Vectibix對NRAS突變型腫瘤難以起作用。 研究人員還發現高于預期的KRAS與BRAF或NRAS共突變，對于這一發現，Amgen公司會做更進一步的大量研究以確定BRAF突變的預期值。

Amgen公司的分子科學部門使用454測序平臺已超過1年半，在腫瘤藥物開發領域有突出應用。

參與Vectibix項目的Amgen公司首席科學家Alex Parker表示，自去年以來，Amgen已經通過454測序平臺分析了1000例樣本，并將對已完成和正在進行的臨床試驗樣本進行越來越多的此類研究分析。

 

可以說羅氏454測序儀在測序讀長，測序準確性和靈敏度上的獨特優勢，將帶動更廣泛的臨床研究。