借助454 測序系統實現油棕櫚基因組高水準從頭拼接
瀏覽次數:3102 發布日期:2009-5-12
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借助454 測序系統實現油棕櫚基因組高水準從頭拼接
在馬來西亞吉隆坡召開的新聞發布會上,一組研究人員宣布完成了對油棕櫚基因組的完整測序、拼接和功能注釋,這為人們在提高這一具有重要商業意義的植物的生產力和可持續性的道路上樹立了重要的里程碑。該研究倡議還分析了油棕櫚生長過程中各個階段的基因表達,以便通過測序12個轉錄組來闡明棕櫚油的生物合成機制。本次發布會由馬來西亞總理納吉布·敦·拉扎克主持,在會上詳細介紹了 Sime Darby公司、Synamatix公司和羅氏旗下的454生命科學公司通過緊密合作充分鑒別出這一熱帶植物的基因組特征。
棕櫚油提煉自油棕櫚的果實,被廣泛用于食物、營養補充劑和化妝品中,目前也日益被用作生物燃料。在成功地揭示油棕櫚的基因組后,研究人員將最終能培育出油產量更高的更具可持續性的樹種。Sime Darby Plantations公司的總經理 Dato Azhar Abdul Hamid解釋道:“我們致力于在油棕櫚生產中保持最高的可持續標準。為找出這一重復程度非常高的復雜基因組,我們向Synamatix尋求了幫助,并采用了領先的新一代測序技術454 測序系統。我們對該研究的結果非常滿意,目前我們正在努力將基因信息轉化為切實可行的農業解決方案。”
對17億個堿基對油棕櫚基因組完成測序與拼接是農業上的一大重要發現,同時它也代表了大型的復雜植物基因組測序在技術方法上的根本性的轉變。研究人員僅采用 Genome Sequencer FLX Titanium 系統對基因組進行測序,然后由總部位于馬來西亞的首屈一指的生物信息學公司Synamatix 進行基因拼接和分析。值得關注的是,這是首次在未使用傳統的Sanger測序數據的情況下,利用第二代測序技術獨立完成一種大型且高度復雜的植物從頭基因組拼接。這種快速且經濟的新方法為了解各種具有重要經濟意義的植物的基因組成開啟了新天地,彌補了這類植物的測序成本向來很高的缺點。
454生命科學公司的首席技術官兼研發副總裁Michael Egholm說:“我們為能成為這一重要的植物基因組研究項目的一員深感自豪。454測序系統有能力生成數百萬個長片斷讀長,是識別高度復雜植物基因組的理想工具。我們期望能與我們的生物信息學合作伙伴Synamatix 公司進一步合作,對其它具有重要商業意義的植物進行基因組測序和拼接。”
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