繼新一代測序技術（454, Solexa和SOLiD）在表達譜分析分析上展示出強大應用前景后，美國西雅圖一家生物公司（NanoString）的新技術再次引起廣泛關注，為本來已經火熱的表達譜分析市場再掀波瀾。

nCounter Analysis運用了直接對基因表達進行多重計數的全新數字技術，表現出極高的靈敏度（500 attomolar）和精確度。該技術使用分子“條形碼”和單分子成像來檢測和統計每一個反應體系中特定轉錄本。整個系統包括全自動的樣品處理工作站，數字化分析儀，CodeSet（分子條形碼）和其他一些試劑，可以幫助研究人員用少量的實驗材料進行特定基因表達特征研究，或者研究一組基因的表達情況。今年3月份的Nature Technology以封面文章形式刊登了這一技術。目前該系統已經在Balyor醫學院用于caBIG™（cancer Biomedical Informatics Grid™） 項目的研究。

由于從技術上無需使用酶，也不需要做PCR擴增，從而減少誤差的產生，因此nCounter在表達譜分析領域非常具有優勢。其單分子計數理念，也迎合了科學界對于研究基因表達的終極追求。在通量上，它可以進行1－576重計數，也很適合進行中小規模的基因表達分析。而其采用的特異型探針雜交融合了類似Taqman的原理，保證了實驗的特異性。這些無疑都為該技術提供了很好的賣點和市場潛力。

但從其市場前景而言，仍存在諸多挑戰。首先該技術出現的時機正是real time PCR和芯片方興未艾，新一代測序技術來勢洶洶之時，如何突出重圍，讓市場快速接受對于這一新的技術而言是項嚴峻的考驗。其次盡管NanoString以數字化表達譜分析（Digital Expression Profiling）作為賣點，nCounter卻并沒有實現真正意義上的數字化表達譜分析，而基于測序原理的表達譜分析方法似乎更能體現數字化表達譜分析的理念。當然目前新一代測序技術仍需要進行PCR擴增，這對于要求嚴謹的科學研究人員而言仍然有所疑慮。但以Helicos和Pacificbio為代表的“單分子測序技術”的興起，無疑會給nCounter推廣帶來不少壓力（注：Helicos在今年4月的Science發表了用其單分子測序技術進行病毒測序的文章，并已對外宣布將于2009年推出商業化的測序儀）。

表達譜分析市場競爭非常激烈，在real time PCR方面，就有ABI, Qiagen，Roche等公司；在芯片方面，有Affymetrix, Agilent，Illumina，博奧，上海芯片中心等國內外公司；在測序領域，有Roche，Illumina和ABI，以及很快會推出市場的Helicos和Pacificbio；而NanoString的新技術無疑讓本已火熱的市場再度升溫。
nCounter技術原理：

1．NanoString技術基于不同顏色編碼的“條形碼”(barcode)，并采用兩條長度為50bp的探針對mRNA進行雜交。報告探針(reporter probe)帶有信號；捕獲探針(capture probe)用于雜交后的復合物固定，以供數據采集。

2．雜交后，樣品被轉移到樣品制備站，在那里過量的探針被洗掉而探針和目的mRNA的復合物則被固定到nCounter的樣品夾上。

3．樣品夾放置到數據分析儀上進行數據采集。樣品加上不同的顏色編碼數將被計算出來，并代表每一種目的分子的數量。

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