Fluidigm公司聯(lián)手Ludwig癌癥研究院在一周內(nèi)測定96個試樣的900個基因表達

國際性研究機構(gòu)Ludwig癌癥研究院（Ludwig Institute for Cancer Research，簡稱LICR）圣保羅分院使用Fluidigm公司的BioMark系統(tǒng)進行大規(guī)模分析，以該院前所未有的速度，完成對全部人類“表面基因組”（surfaceome，負責細胞表面蛋白質(zhì)編碼的一組基因）的特征分析。這次試驗在Fluidigm公司的南圣弗朗西斯科實驗室進行，LICR團隊原本要數(shù)月時間才能完成的工作，這次一周就完成了。

LICR巴西圣保羅分院的Julia Pinheiro Chagas da Cunha博士說，“我去Fluidigm公司工作了一周，目標是分析96個試樣中900個基因的表達。最開始，我覺得這個任務(wù)不可能完成，到最后卻發(fā)現(xiàn)，用集成流體通路，居然可以做到！ Fluidigm公司的動態(tài)陣列（dynamic array）確實不同一般。采用不到10微克的RNA，只要幾個小時的時間，就有可能得到有用的數(shù)據(jù)，用這種方法，可以分析活組織檢查等情況下少量組織中的基因表達。”

LICR團隊借助結(jié)腸、肺臟、前列腺和乳房部位試樣（以及對照試樣）的腫瘤穿刺活檢，來進行試驗。da Cunha博士使用Fluidigm公司新推出的96.96動態(tài)陣列，一天只花費四小時親自動手勞動，就能處理55000個數(shù)據(jù)點。

　 Fluidigm公司總裁兼首席執(zhí)行官Gajus Worthington解釋說，Ludwig癌癥研究院 在工作中使用Fluidigm的48.48動態(tài)陣列。“但是，用我們新推出的96.96動態(tài)陣列的話，所有這些基因表達工作就能 快完成，或者說，在相同的一周時間內(nèi)，能夠以更低的成本，處理完成四倍數(shù)量的樣本。”

利用人類基因組序列以及有關(guān)癌癥表達基因的大量數(shù)據(jù)，Ludwig癌癥研究院正在進行多項研究，試圖對癌癥中差異表達的基因進行特征分析。Ludwig研究院Sandro J. de Souza博士說，“為了分析整個人類‘表面基因組’（surfaceome）的特征，我們進行了一次大規(guī)模的分析。我們將基因表達數(shù)據(jù)整合到‘表面基因組’知識庫中，發(fā)現(xiàn)了可能在惡性膠質(zhì)瘤（glioblastoma）和結(jié)腸瘤中差異表達的待確定基因，接下來，我們想要用大規(guī)模的qPCR方法來驗證部分待確定基因。在我們的qPCR研究階段，F(xiàn)luidigm公司的96.96動態(tài)陣列將發(fā)揮至關(guān)重要的作用。”

Fluidigm公司的新款BioMark 96.96動態(tài)陣列使用納升數(shù)量級的金標準TaqMan探針，能夠同時進行9216個實時的PCR實驗。這套新一代集成流體通路裝置能夠幫助生命科學研究人員進一步達到新的成本水平，使后勤更加靈活和高效，并從微量的試樣中取得更完整的圖譜。

使用10uL的反應(yīng)量，將Fluidigm公司的新款96.96動態(tài)陣列與業(yè)界標準的384微孔板系統(tǒng)比較，可以發(fā)現(xiàn)，96.96動態(tài)陣列能夠顯著提高生產(chǎn)率和效率。
——通量提高24倍：一個96.96動態(tài)陣列能夠提供9216個并行的數(shù)據(jù)點，相當于24塊384微孔板片的處理能力。

——master mix混合液的用量減少192倍：9216次反應(yīng)所需的混合液分別為：240微升和46080微升。
——準備過程的復(fù)雜度降低96倍：每進行9216次反應(yīng)，96.96動態(tài)陣列只需要192步移液操作，而為了準備相同數(shù)量的微孔板片試驗，需要完成18432步移液操作。

關(guān)于Fluidigm公司： 　
　　 Fluidigm公司開發(fā)、生產(chǎn)、銷售其獨有的集成流體通路（IFC）系統(tǒng)，能夠顯著提高生命科學研究的生產(chǎn)率。借助Fluidigm的集成流體通路，能夠?qū)�極微量的試驗對象同時進行成千上萬次復(fù)雜的生化測定。這種生物學集成通路是通過在單一的微型設(shè)備上對液體處理部件進行微型化和集成處理而實現(xiàn)的。Fluidigm公司的IFC系統(tǒng)由儀器、軟件和一次性使用的集成流體通路裝置組成，與傳統(tǒng)的實驗室系統(tǒng)相比，該系統(tǒng)擴大了通量，降低了成本，提高了靈敏度。Fluidigm公司的產(chǎn)品已獲得美國食品藥品管理局（FDA）的批準，可用于診斷、檢定，且僅限于研究用途。

（轉(zhuǎn)載）

冷泉港生物科技 榮譽代理
www.cs-biotech.com
聯(lián)系地址
地址：上海市天目西路218號嘉里不夜城一座1701室
電話：021-63532269
傳真：021-63534724
E-mail： cssh@cs-biotech.com